Bei der sublingualen Immuntherapie oder SLIT werden Nahrungsmittelallergene in einer kleinen Menge Flüssigkeit aufgelöst und verbleiben einige Minuten unter der Zunge, bevor sie ausgespuckt oder geschluckt werden. Dadurch werden unverdaute Allergene in die Zellen der Mundschleimhaut eingebracht und dadurch die Nahrungsmitteltoleranz gefördert. SLIT wurde verwendet, um Allergien gegen Kiwi, Erdnüsse, Haselnüsse, Milch und Pfirsiche zu behandeln. Einige Allergologen bieten SLIT für Nahrungsmittelallergien an, aber es ist nicht leicht zu finden. In der Eskalationsphase wird die SLIT-Dosis erhöht, bis eine gleichbleibende tägliche Erhaltungsdosis erreicht ist. Im Vergleich zur OIT verwendet SLIT eine geringere Dosis, da die Flüssigkeitsmenge, die unter der Zunge gehalten werden kann, begrenzt ist. SLIT-Dosen werden normalerweise in Mikrogramm oder Milligramm Protein gemessen.